怎么安装Singularity、Singularity源码安装教程

源码编译安装 (需 root 权限)

1. 安装系统依赖
   首先需要安装编译所需的开发工具和库。请根据您的 Linux 发行版执行以下命令。
• Ubuntu / Debian 系统：

  sudo apt-get update
  sudo apt-get install -y \
    build-essential \
    uuid-dev \
    libgpgme-dev \
    squashfs-tools \
    libseccomp-dev \
    wget \
    pkg-config \
    git \
    cryptsetup-bin

• CentOS / RHEL / Rocky Linux 系统：

  sudo yum groupinstall -y 'Development Tools'
  sudo yum install -y epel-release
  sudo yum install -y \
    libseccomp-devel \
    squashfs-tools \
    cryptsetup \
    wget git

2. 安装 Go 语言
   Singularity 使用 Go 语言编写，因此需要先安装 Go（版本 1.13 以上，建议 1.17+）。

   # 下载并解压 Go 到 /usr/local
   wget https://dl.google.com/go/go1.21.6.linux-amd64.tar.gz
   sudo tar -C /usr/local -xzf go1.21.6.linux-amd64.tar.gz
   
   # 将 Go 添加到环境变量
   echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
   source ~/.bashrc
   
   # 验证安装
   go version

3. 编译并安装 Singularity
   从 GitHub 下载*新版本的源码进行编译。

   # 下载源码包（以 4.1.1 版本为例，请替换为*新版）
   wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v4.1.1/singularity-ce-4.1.1.tar.gz
   tar -xvf singularity-ce-4.1.1.tar.gz
   cd singularity-ce-4.1.1/
   
   # 配置、编译和安装
   ./mconfig --prefix=/usr/local  # 指定安装路径，默认为 /usr/local
   make -C ./builddir
   sudo make -C ./builddir install 
   
   # 验证安装
   singularity --version

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1. 在用户目录下安装 Go 语言

   # 进入家目录
   cd $HOME
   
   # 下载并解压 Go
   wget https://go.dev/dl/go1.21.6.linux-amd64.tar.gz
   tar -xzf go1.21.6.linux-amd64.tar.gz
   
   # 配置环境变量，编辑 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile
   echo 'export PATH=$HOME/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
   source ~/.bashrc
   
   # 验证
   go version

2. 编译并安装 Singularity 到用户目录

   # 下载源码
   wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v4.1.1/singularity-ce-4.1.1.tar.gz
   tar -xvf singularity-ce-4.1.1.tar.gz
   cd singularity-ce-4.1.1/
   
   # 配置并安装到用户指定目录，例如 ~/singularity
   ./mconfig --prefix=$HOME/singularity
   make -C ./builddir
   make -C ./builddir install  # 注意这里不需要 sudo
   
   # 将 Singularity 的 bin 目录添加到环境变量
   echo 'export PATH=$HOME/singularity/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
   source ~/.bashrc
   
   # 验证安装
   singularity --version

💡 安装后验证与基本使用

# 检查版本
singularity --version

# 获取帮助
singularity --help

# 尝试拉取一个小型测试镜像（如 Alpine Linux）
singularity pull docker://alpine:latest

⚠️ 重要注意事项

• 权限问题：如果是在 HPC 集群上，请先咨询管理员，确认是否允许以及如何安装 Singularity。有时集群会预装，只需通过 module load singularity命令加载 。
• 依赖完整性：确保所有依赖包都已成功安装，否则编译过程可能会失败。
• 存储空间：编译过程需要一定的磁盘空间，请确保 $HOME或目标安装目录有足够空间（通常需要几百MB至1GB）。
• 版本兼容性：注意 Singularity 版本与 Go 语言版本的兼容性，尽量使用文档推荐的组合。

Elst集群系统功能介绍 - HPC服务器集群微信号：RH23CN